1、射程差：弹道导弹射程更远，射程超过8000公里。

2、原理区别：弹道导弹原理和卫星一样。它利用火箭发动机将弹头推出大气层，像太空中的卫星一样高速绕地球飞行，阻力极小，在目标上空调整姿态后高速下降。它是一种射程远、弹头装量大、拦截难度高的战略导弹。就像飞机一样，巡航导弹的尾部有翅膀。它利用发动机和空气动力学，通过燃料和空气在大气中飞行和滑行。

3、制导方式差异：弹道导弹制导方式也发生了几次变化。一开始用的是无线电制导，但是干扰太大，命中率低。干涉后直接错位。之后采用惯性制导，也是现在最常用的制导方式，命中率高。最先进的制导方式是导航系统制导，比如美国的gps导航系统，命中精度非常高。巡航导弹，一般反舰导弹，空对空导弹，空对地导弹，空对舰导弹，岸基防空导弹都是巡航导弹。他们可以通过计算机通信控制器和雷达或电视等通信制导设备预设和修改路线。它们是威力强大的战术导弹，可控性高，精度好，体积小，发射灵活。

4、飞行方式的区别：弹道导弹和巡航导弹最大的区别在于飞行方式，弹道导弹速度快，射程远。弹道导弹除了在大气层中进行短时间的动态飞行和制导外，只受地球引力的影响，沿椭圆轨道飞行。弹道导弹在起飞时必须穿过大气层，但主要是在高空或外层空间，在前进阶段空气稀缺，在下降阶段(一般离地80公里左右)重新进入大气层，然后用惯性制导攻击目标。目前只有美国和俄罗斯装备了能够进行核打击的战略巡航导弹。美国研制的bgm-109战斧多用途巡航导弹是世界上最著名的巡航导弹，时速880公里，最大射程2500公里。

5、发射方式的区别：弹道导弹陆基井、路铁机动、海基潜艇、空基战略轰炸机的发射方式。巡航导弹大多由车辆、潜艇和飞机发射。